De nouveaux détails sont arrivés dans les synopsis des quatre premiers épisodes de la saison cinq.
* Search and Rescue (501)
Un Sheppard blessé est piégé au coté de Ronon sous décombres du complexe de Michael. Pris au piège dans une autre partie, McKay et Lorne réalise que Michael est au courant de leur intrusion.
A des années-lumières de la, le croiseur Wraith de Michael se dirige vers les décombres. Emprisonnée a bord, une Teyla enceinte supplie Kanaan, le père de son enfant, de la sauver.
Carter mène une mission de sauvetage sur la planète. Son équipe réussit à dégager McKay et Lorne, mas Ronon et Sheppard sont enterrés plus profondément dans les décombres. Avec Michael et ses hybrides en route pour gérer cette intrusion, et le Daedalus déjà en route, la question est : Qui sera la en premier ?
* The Seed (502)
Quand le Dr. Keller ne se présente pas de la matinée, des membres de l'équipe mènent l'enquête et sont choqués par ce qu'ils découvrent : Jennifer, inconsciente dans ses quartiers - une mystérieuse toile de vrilles attachés à son corps. Suspectant son état d'être lié avec les données Wraiths ramenés du laboratoire de Michael, l'équipe prend la décision de sortir Beckett de son état de stase.
Le bien aimé docteur mène les recherches médicales pendant que Sheppard et l'équipe sont placés en quarantaine par précaution au cas ou ils auraient été exposé au même virus qui a infecté Keller. Pendant que Beckett peine à trouver une solution, l'organisme alien grandit, passant par les couloirs jusque vers la grille d'accès principal. Avec Atlantis maintenant menacé, Woolsey fait maintenant face à une décision qui pourrait couter la vie de Keller.
* Broken Ties (503)
Ronon est pris dans une embuscade pendant une mission off-world et se réveille, bien après, prisonnier de son ancien ami, Tyre. ll s'avère que le Sétidien a vécu des moment difficiles depuis leur dernière rencontre. Abandonné par les Wraiths qu'il a jadis servit, il subit des effet physique et psychologique du processus de rétro-alimentation qui lui était accordé en que qu'adorateur des Wraiths. Mais il pense qu'il a un moyen de regagner le respect de ses anciens maitres : en leur délivrant Ronon.
Avec l'intention de provoquer son prisonnier, le Wraith commence à prendre la vie de Ronon, pus le ramener à la vie et ensuite lui restaurer sa jeunesse. Encore, encore, et encore.
Une piste, pendant ce temps, mène l'équipe à un village abandonné. Mais Ronon et le Wraith sont partit depuis longtemps, la seule preuve de leur passage est un Tyre blessé gravement qui pourrait être leur seul espoir de secourir leur ami.
* The Deadalus Variation (504)
Quand une mystérieuse copie du Daedalus apparait en orbite au dessus d'Atlantis, l'équipe est envoyé afin d'enquêter. Une fois à bord du déserté et sévèrement endommagé vaisseau, l'équipe découvre un sinistre message vidéo de l'ancien capitaine. Mais avant qu'ils ne réalise la situation, le vaisseau est propulsé dans une réalité alternée.
Pendant que McKay essaye de comprendre ce qu'il se passe, le vaisseau continue de passer a travers différentes réalités alternatives, rencontrant une armada alien et la chaleur brulante d'un soleil en expansion - l'équipe réalise que si ils ne trouvent pas un moyen de retourner vite dans leurs réalités, ils pourraient être perdus à jamais.
